«Центр физико-химических методов исследования и анализа» был образован и зарегистрирован Управлением юстиции г. Алматы 25.01.1995г. № 3-04-79-388 на основании решения Ученого Совета Казахского государственного университета им. аль-Фараби от 21 октября 1994 года на базе кафедры аналитической химии с целью организации научных исследований и решения прикладных задач по приоритетным для республики направлениям, а также выполнения консалтинговых работ и услуг, связанных с применением современных методов анализа.
В 1995 году «Центр физико-химических методов исследования и анализа» состоял из трех лабораторий.
В 2001 году решением Ученого Совета химического факультета на правах филиалов выпускных кафедр было создано 5 лабораторий.
В 1999 году комитетом по стандартизации, метрологии и сертификации Республики Казахстан было выдано аттестационное свидетельство на право проведения испытаний показателей качества готовой продукции лаборатории «Синтеза и анализа химических веществ и реактивов» и «Аналитической химии нефти».
В 2002 году свидетельство получила еще 1 лаборатория ЦФХМА – «Экология биосферы».
В 2003 году лаборатории прошли переаттестацию в Алматинском филиале ОАО «Национальный центр экспертизы и сертификации».
27 мая 2003 года, в соответствии с постановлением Правительства РК от 17 января 2003 года № 37, Центр был реорганизован в Дочернее государственное предприятие «Центр физико-химических методов исследования и анализа» Республиканского государственного предприятия «Казахский национальный университет им. аль-Фараби МОН РК.
9 февраля 2007 года Центр был аккредитован на техническую компетентность в Государственной системе технического регулирования Республики Казахстан на соотвествие требованиям СТ РК ИСО/МЭК 17025-2001.
В 2020 году Центр был присоединен к Казахскому национальному университету им. аль-Фараби и в настоящий момент является его структурным подразделением.